La chiesa di San Pio, commissionata dall'Ordine dei frati minori cappuccini della provincia di Foggia, venne progettata dal celeberrimo architetto italiano Renzo Piano e costruita dall'impresa Pasquale Ciuffreda di Foggia, per contenere degnamente le migliaia di pellegrini che ogni anno giungono a onorare la memoria di Padre Pio da Pietrelcina. L'opera è stata quasi completamente finanziata dalle offerte dei pellegrini.
Con i suoi 6000 m² (in grado di contenere 7000 persone considerando un ampio margine di sicurezza) è una delle chiese più grandi in Italia per dimensioni.
Per l'innalzamento della struttura si è resa necessaria la fondazione di un consorzio che riuniva al suo interno le aziende impegnate nella costruzione: il consorzio "Fabbrica della chiesa".
La chiesa è stata inaugurata dinanzi a oltre trentamila persone il 1º luglio 2004, consacrata da Mons. Domenico Umberto D'Ambrosio con la dedicazione a San Pio da Pietrelcina, dopo circa dieci anni di lavori.
