La chiesa di Santa Marie delle Grazie fu progettata dell'architetto Giuseppe Gentile e consacrata dal vescovo di Foggia il 1 luglio 1959.
A distanza di 45 anni venne inaugurata il 1 luglio 2004 una nuova chiesa, in onore di Padre Pio, che si fonde in un unico corpo con l'antica chiesetta omonima, tale chiesa venne costruita per andare incontro alle esigenze dei pellegrini che affluivano sempre più numerosi a San Giovanni Rotondo.
L'antica chiesetta è caratterizzata da una navata centrale dove domina un mosaico raffigurante la Madonna delle Grazie, la figura di Padre Pio e un angelo sulle nuvole. Oltre al grande mosaico che simboleggia l'icona cristiana di San Giovanni Rotondo, marmi pregiati e altre lavorazioni su vetro abbelliscono gli altari e le navate laterali.
Scendendo nel piano inferiore è possibile ammirare la cripta di San Pio da Pietrelcina, le cui spoglie, fino ad Aprile 2008, erano poste nella terra sotto un blocco monolitico di marmo verde. Dalla metà di aprile i fedeli possono venerare il corpo di Padre Pio in una teca di vetro e perceripe la grande devozione e commozione nel vedere una salma che dopo tanti anni è rimasta quasi immune dal tempo.
